L'inici del pontificat de Pius XII es va produir en el moment de la Segona Guerra Mundial i l'Holocaust nazi, que en el transcurs de la guerra veuria l'assassinat de milions de jueus i d'altres per la Alemanya d'Adolf Hitler.[1] Pius va emprar la diplomàcia per ajudar les víctimes dels nazis durant la guerra i, dirigint la seva Església a proporcionar ajuda discreta a jueus i altres, va salvar centenars de milers de vides.[2] Pius va mantenir els vincles amb la Resistència alemanya i va compartir informació d'intel·ligencia amb els Aliats. La seva més forta condemna pública de genocidi va ser, però, considerada inadequada pels poders aliats, mentre que els nazis el veien com un simpatitzant aliat que havia deshonrat la seva política de neutralitat vaticana.[3]
Alguns crítics de la postguerra han acusat Pius de ser massa prudent, o de "no fer prou", o fins i tot de "silenci" davant l'Holocaust. No obstant això, els partidaris han afirmat que va salvar milers, si no desenes o centenars de milers de jueus, ordenant a la seva Església que els proporcionés santuari i ajuda, i que va proporcionar un lideratge moral i intel·lectual en oposició al racisme violent de la ideologia nazi.[4][5]
Pius XII havia estat diplomàtic vaticà a Alemanya abans de la guerra i secretari d'estat del Vaticà sota Pius XI. Va ser crític amb el nazisme i el 1937 va ajudar a redactar l'encíclica anti-nazi Mit brennender Sorge. En la seva primera encíclica papal Summi Pontificatus (1939), Pius XII va expressar el seu desconcert per la invasió de Polònia de 1939; va reiterar l'ensenyament catòlic contra el racisme i l'antisemitisme; i va avalar la resistència contra aquells contraris als principis ètics de la "Revelació al Sinaí" i del Sermó de la Muntanya.[6] Al Nadal de 1942, una vegada que havien aparegut proves de la matança industrial dels jueus, va manifestar la seva preocupació per l'assassinat de "centenars de milers" de persones "sense tort" per la seva "nacionalitat o raça". Pius va intervenir per intentar bloquejar les deportacions nazis de jueus en diversos països des del 1942-1944. A la seva mort el 1958, Pius va ser lloat enfàticament pel ministre d'Afers Exteriors israelià,[7] i altres líders mundials. Però la seva insistència en la neutralitat del Vaticà i l'evitació de nomenar els nazis com a malfactors del conflicte es va convertir en el fonament de les crítiques contemporànies i posteriors d'alguns àmbits. Continuen els estudis dels arxius del Vaticà i la correspondència diplomàtica internacional.